Tất cả các loài rắn hiện đại được gộp nhóm trong phân bộ Serpentes trong phân loại học Linnaeus, một phần của bộ Squamata (bò sát có vảy), mặc dù vị trí chính xác của chúng trong phạm vi bò sát có vảy vẫn là điều gây mâu thuẫn.[2]

Người ta thường chia phân bộ này thành 2 cận bộ là Alethinophidia và Scolecophidia.[2] Sự chia tách này dựa theo các đặc trưng hình thái học và sự tương đồng trình tự ADN ti thể. Alethinophidia đôi khi được chia tách tiếp thành Henophidia và Caenophidia, với nhóm thứ hai bao gồm các loài rắn dạng "rắn nước" (Colubridae, Viperidae, Elapidae, Hydrophiidae và Attractaspididae) và Acrochordidae, trong khi các họ rắn dạng Alethinophidia còn lại tạo thành Henophidia.[19] Trong khi không còn loài nào sinh tồn ngày nay nhưng Madtsoiidae, một họ bao gồm các loài rắn khổng lồ; nguyên thủy; giống như trăn, đã từng sinh sống cho tới khoảng 50.000 năm trước tại Australia, với các chi như Wonambi.

Có nhiều tranh luận liên quan tới hệ thống học trong phạm vi nhóm này. Chẳng hạn, nhiều nguồn coi Boidae và Pythonidae chỉ là một họ trong khi quan hệ họ hàng của chúng không thực sự gần, trong khi lại coi Elapidae (rắn hổ) và Hydrophiidae (rắn biển) là các họ tách biệt vì các lý do thực tiễn trong khi quan hệ của chúng là rất gần gũi.

Các nghiên cứu phân tử gần đây hỗ trợ cho tính đơn ngành của nhánh chứa các loài rắn hiện đại, cũng như của hai nhánh Scolecophidia (Anomalepididae + (Leptotyphlopidae + (Gerrhopilidae + (Xenotyphlopidae + Typhlopidae)))) và Alethinophidia (Anilius + Alethinophidia phần lõi (Uropeltidae (Cylindrophis + Anomochilus + Uropeltinae) + Macrostomata (Tropidophiinae + Pythonidae + Caenophidia + Booidea (Boidae + Ungaliophiinae))).[7]

Các họ